评估税方案中，对个人所得税的征收提出了新的征税方法，如果计税价格出现明显偏差，明显低于市场价格，低于公允价值，那么，个人所得税的核定征收税率为：普通住房计税价个的1%，非普通住房为1.5%，拍卖房则为3%。如果在没有明显偏低的交易中，个人所得税仍然按照原来的方案核实征收，征税方式为：（计税价格-房产原值-转让过程发生的合理费用相关税费）*20%。

尽管地税局的规定是这样，允许新方案与旧的方案双轨运行，只有在交易价格明显偏低的时候才会采用核定价征税。但是地税局透露，深圳目前已经在全市400多个片区，超过17万栋房屋，合计公约154万套房屋形成了“一房一价”的计税参考价格，当二手房交易提交过户系统是，如交易价格明显偏低于计税参考价格，且无正当理由的，地税部门将按照计税参考价格核定计征存量房交易环节的各项费用，不过征税之前会起交易双方签字确认，总而言之，按照合同价或者计税参考价从高征税。